Base de dados

base_de_dados_ppt

1. Sequenciamento

Video#1

Video#2

Sequenciamento#1

Sequenciamento#2
 

2. Editores de sequencias

bioedit

seaview

3. Bases de Dados Biológicos

Banco de Dados Primários

Os bancos de dados primários são assim classificados por terem grande fluxo de dados, abrangerem grande diversidade de tipos de dados e, devido a esses dois motivos, geralmente, não são curados.

NCBI

EBI




Banco de Dados Secundários

Os bancos de dados secundários diferenciam-se dos primários pois a maioria deles restringe-se a dados específicos (espécies, grupos de organismos, tipos de moléculas, etc). Além disso grande parte dos bancos de dados secundários sãocurados, ou seja, os dados ali postados passam por algum critério ou controle de qualidade.


MICROBIOLOGIA


Fungos/leveduras

Yeastgenome

Candidagenome

Index fungorum

Vírus

Viralzone

Influenza Resources

HIV resources


Bactérias

Escherichia coli db


Humanos - Biocomplexidade

www.kegg.jp

Proteínas

Uniprot

HLA/MHC

MHCdb

Cancer

Cosmic data base

My cancer genome

Farmacogenômica

Pharmgkb

#Alinhamento multiplo

#Alinhamento local

3. Blast

BLAST

Programa que busca sequências de nucletídeos e proteínas por meio de alinhamento local utilizando o Genbank como base de dados.



Procure:
ATGCCACAATTAATTCCATTTTATTTTATGAATCAATTAACATATGGTTTATTATTAATTACTGTAT

Procura 2

HEEDKATITSLWGKVNVEDAGGETLGRLLVVYPWTQRFFDSFGNLSSASAIMGNPK
VKAHGKKVLTSLGDATKHLDD

Blast2

seq1
GGATTGCTTTCAGGCCAAGGACCCATGAAATTGGTGATGGCTTTTATAGCATTCCTAAGATTTCTAGCCA
TACCTCCAACAGCAGGAATTTTGGCTAGATGGAGCTCATTCAAGAAGAATGGAGCGATCAAAGTGTTACG
GGGTTTCAAGAAAGAGATCTCAAACATGTTGAACATAATGAACAGGAGGAAAAGATCTGTGACCATGCTC
CTCATGCTGCTGCCCACAGCCCTAGCGTTTCATCTGACCACTCGGGGAGGAGAGCCGCACATGATAGTTA
GCAAGCAGGAAAGAGGAAAATCACTTTTGTTTAAGACCTCTGCAGGTGTCAACATGTGTACCCTTATTGC
AATGGATTTGGGAGAGTTATGTGAGGACACAATGACCTACAAATGCCCCAGGATCACTGAGACGGAACCT
GAAGACATTGACTG

seq2

TACCTCCAACAGAGGAATTTTGGCTAGATGGAGCTCATTCAAGAAGAATGGAGCGATCAAAGTGTTACG
GGGTTTCAAGAAACGAGAATCTCAAACCCATGTTGAACATAATGAACAGGAGGAAAAGATCTGTGACCATGCTC